Fué punto estratégico en la época de los celtíberos y los romanos, además de una marca del camino que unía Aragón y Navarra. Está enclavado en el valle de Huecha, muy cerca de este río y a escasos kilómetros del Ebro, en su margen derecha. Mallén destaca por la "antiguedad" de sus orígenes y la pertenencia a la Orden de San Juan de Jerusalén durante 700 años.

Mallén pertenece a la Comarca de Borja y dista de Zaragoza 52 kilómetros, de la que depende en los ámbitos administrativos y judiciales. Dentro de sus límites cruza la autopista vasco-aragonesa y el ferrocarril del Norte, cuya estación más próxima está en Cortes (Navarra), también la carretera nacional 232 de Vinaroz-Vitoria y la comarcal de Cortes a Borja.