Numerosas culturas paleolítica, celtibérica, romana, visigoda se han asentado en el fértil valle en el que se encuentra Covarrubias, y de todas se han encontrado vestigios. Pero el origen de esta villa es medieval. Fue fundada por el rey visigodo Chindasvinto en el siglo VII sobre los restos de un castro romano, aunque las murallas que construyó fueron destruidas hacia el año 737. En el siglo X, el primer conde independiente de Castilla, Fernán González y su hijo, el conde García Fernández, convertirán a Covarrubias en capital del primer Infantado de Castilla y cabeza de uno de los señoríos monásticos más importantes.
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Mecerreyes atesora una rica e interesante historia que se pierde en el tiempo, pues tenemos vestigios de culturas 900 años antes de Cristo.
Es seguro y claro, que los romanos habitaron en nuestro termino, en concreto el lugar conocido como valdarcos. En este término se puede recoger cerámica romana que los entendidos califican como terra sigilata del siglo III al V, y que aparece simplemente al arar la tierra, sin necesidad de hacer ningún tipo de excavación.
La villa, poblado o alfar romano, perteneció al convento jurídico de Clunia, la gran ciudad romana, cuya jurisdicción llegaba desde el Cantábrico hasta el Tajo.La primera vez que aparece Mecerreyes en la historia escrita, es en el documento o carta fundacional del Infantado de Covarrubias, fechado el 24 de Noviembre del año 978 y llevado a cabo por el conde Garci Fernández hijo de Fernán González, a favor de su hija Urraca.
A partir pues del siglo XVI, se nota un resurgir de Mecerreyes, a través de los legajos y documentos que conservamos en el Archivo Municipal, y que fundamentalmente habla de pleitos sobre multas al ganado y fijación de apeos y limites del terreno.

Modúbar tiene su origen en las repoblaciones mozárabes de la segunda mitad del siglo IX. El río Viejo o río Modúbar recorre la pequeña vega y da su nombre a a la localidad y a las poblaciones cercanas de los otros Modúbares, el de la Cuesta y el de La Emparedada. De la época Medieval se ha documentado al Norte de la población actual, en posición elevada respecto del Valle, dos centros de culto: San Martín y San Cebrián. El primero, hay testimonio escrito de que en el año 944 pasó a ser monasterio, después de haber pertenecido durante un tiempo al linaje del noble Gudestioz; mientras que el segundo permaneció como iglesia rural.
El cartulario “El Becerro Gótico de Cardeña”recoge parte de la historia del monasterio y sus alrededores entre los siglos IX a XI y cita la existencia del monasterio de San Martín y que en el año 975 lo habitaban 34 monjes. Al parecer la prosperidad del monasterio duró poco, quizá debido a las incursiones de Almanzor en la zona, lo que supuso el traslado de la población al fondo del valle.