Esta localidad ha sido desde tiempos remotos zona de paso. Habitada desde antiguo, se hallaron en su término municipal dos espadas de la Edad del Bronce y asentamientos rurales romanos en Alcoba la Yerma y La Serna. Conserva inscripciones latinas y visigodas en algunos edificios de la localidad. De la Edad Media conserva cuatro estelas decoradas con cruces griegas, cruces esvásticas y estrellas de siete puntas.
Ya en el siglo XVI, los Avellaneda, señores de la villa, edificaron un palacio realizado en estilo renacentista.
Próximos a esta localidad se halan los restos de una fortificación en Alcoba de la Torre, con bodegas, lagares y palomares característicos de la arquitectura rural.

En Hinojar del Rey, en el Alto del Cuerno, se sitúa un castro de época prerromana, que parece corresponder al emplazamiento de la Clunia arévaca, de la que tomó el nombre la futura ciudad romana. La existencia de cerámica ibérica y romana, así como la emisión de moneda con caracteres ibéricos testimonia la romanización de este castro. Palol delimita un ámbito arqueológico más extenso, que afecta a los términos de Hinojar y de Quintanarraya, abarcando la serie de cerros de altitud similar, conocidos por Alto de Cuerno, Salterio y Alto Redondo, con un ovalo perimetral de 6 Km . La ciudad fue asediada por el optimate Pompeyo en su lucha contra el demócrata Quinto Sertorio, en el invierno del año 75 a .C. pero ha de levantar el cerco. Asesinado Sertorio en el año 72 a .C. por su lugarteniente Perpena en Huesca, este es vencido fácilmente por Pompeyo. Clunia, cae poco después. En el año 56 a .C. es sitiada por Metelo, al sublevarse junto con los vacceos por la independencia de Roma. Se solventa con una tregua, pero al año siguiente es sometida definitivamente por Afranio

Situado muy cerca de la antigua ciudad de Clunia, en el alto de El Cuerno, al sur de Quintanarraya, se han encontrado restos de la edad de Hierro, cerámica celtibérica y romana, por lo que es probable que fue ese el lugar en el cual se situaba la antigua Clunia, Lunia o Dunia, citada por los autores clásicos, y que fue tomada por Escipión tras conquistar Numancia en el 133 a. C..
Quintanarraya se libró de la jurisdicción del Monasterio de Santo Domingo de Silos. Bajo el nombre de «Quintana Annaya», la localidad aparece citada en documentos del Monasterio de San Pedro de Arlanza en 1048 y del Monasterio de Santo Domingo de Silos en 1073. Su terreno se fue ampliando con las tierras de núcleos ya desaparecidos, como Las Cortas, añadido a principios del siglo XX, Ranales, ubicado en el lugar hoy denominado Arrenales, y Cubillas de San Pedro, al sur del paraje denominado La Dehesa, que perteneció al Monasterio de San Pedro de Cubillas, sito en La Lomilla, ya camino de Hinojar del Rey. Ambos, poblado y monasterio, fueron dados en 1073 por el rey Alfonso VI a la abadía de San Sebastián de Silos. Al desaparecer, su territorio, en el que se incluían los montes de El Cuerno, Salterio y Redondo, pasó a integrar el terrazgo de Quintanarraya y de Hinojar del Rey.
En el siglo XIV los impuestos del pueblo iban a parar a manos de los Martínez de Leiva. En un documento de 1476, el primer conde de Coruña, Lorenzo Suárez de Mendoza, delega en unos árbitros para que dicten la valoración, alquiler o compra de sus bienes en Quintanarraya.

Toda la información ofrecida en este apartado pertenece a la sección de Historia de la magnífica web elaborada por el Ayuntamiento de la localidad.
«En la prehistoria, durante el Paleolítico y el Neolítico, probablemente estuvo poblada la zona de Huerta de Rey, dada la cantidad de cuevas que en el pueblo se encuentran. Sin embargo, no existen vestigios que lo puedan atestiguar.
En los años 1000 a 800 (a. de C.) comenzaron las primeras invasiones célticas que se establecieron en Cataluña y Aragón. Hacia el 700-600 (a. de C.) ocupan la meseta otra oleada de celtas, instalandose en Soria los pelendones. A partir del siglo VI (a. de C.) llega a nuestra zona una nueva invasión céltica procedente de pueblos belgas que empuja hacia las montañas a los pelendones y forman la tribu de los arévacos, de los que Clunia fue una de las ciudades mas importantes.
En el año 218 (a. de C.) se produce la llegada a España de las legiones romanas al mando de Cneo Escipión, para evitar el avance cartaginés. Esta fecha será decisiva para Clunia (ciudad romana a 9 km de Huerta), ya que según T. Livio fue sitiada el año 75 (a. de C.) por Pompeyo en su lucha contra Sertorio sin lograr vencerlo.
Parece que podemos afirmar que hacia el año 72 (a. de C.), cuando Clunia es ocupada por Pompeyo, comienza la romanización de nuestra comarca.
El año 56 (a. de C.) los arévacos se sublevaron contra los romanos quienes al mando de Metelo Nepote ponen sitio a Clunia. Les ayudan los «vacceos» de la zona de Roa, que eran sus fieles aliados. Ambos atacan al ejercito romano consiguiendo que levanten el cerco. Al año siguiente, 55 (a. de C.) Afranio legado de Pompeyo, redujo definitivamente a la obediencia a los arévacos y vacceos y a la ciudad de Clunia.
Si relatamos todo esto es porque pensamos que por Huerta pasaba una via romana, que en aquel tiempo tanta importancia tuvieron.
Es de suponer que Huerta, como Clunia durante los siglos II y III pierdan su importancia geopólitica al hundirse el imperio romano.
En el siglo V se hallaba extendida la religión cristiana por esta comarca. En las migraciones germánicas, Huerta lo mismo que toda su comarca, sufrio las invasiones de los suevos en la primera mitad del siglo V.
De mediados del siglo V a comienzos del VIII se produce la dominación visigoda.
La invasión musulmana se produce en España en el año 711, destruyendo el reino visigodo.
Según el Anales Complutense, García I de León en el año 912, repuebla Clunia, Osma, Coca y otras villas, siendo conde Castilla Gonzalo Fernández.
El 4 de septiembre del año 917 las tropas de Abderramán III son derrotadas por Ordoño II de León, en San Esteban de Gormaz. El ejercito musulmán destruyó la antigua ciudad romana de Clunia y cuantas aldeas y monasterios halló a su paso.
En el año 913 Ramiro II de León de acuerdo con el conde de Castilla Fernán
Consecuencia de este desastre fue la gran expedición de castigo que el califa dirigió personalmente en el año 934.
En el año 939, Abderramán III prepara la campaña del poder supremo para someter definitivamente a los cristianos del norte. Delante de Simancas le esperaban Ramiro II con los castellanos de Fernán González y los navarros de la reina Tota. La pugna duró varios días y terminó con una tremenda derrota del califa cordobés.
Con motivo de esta victoria se continuo la acción repobladora de Castilla y Fernán González consiguió la independencia del condado de Castilla del reino de León.
En el año 1300 se produce un acta por la cual, Diego Sánchez de Medrano, gran juez de Castilla, pone a la abadía de Silos en posesión de la villa de Huerta, de la que se había adueñado un cierto hidalgo llamado Hernando Yvañez de Ordejuela.
Para evitar que ocurriesen otros casos como el anterior, el 22 de Abril de 1313, la abadía de Silos da por tres años a Ferrant Ladrón de Rojas y a su hermano Diego Alonso de Rojas, la administración de la villa de Huerta y de sus cinco aldeas.
Hasta esta fecha, año 1380, en los distintos documentos figura con el nombre latino de «Orta» y con el arabe de «Warta», a partir de 1380, unas veces aparece como Huerta del Rey y otras como Huerta de Rey, aunque abunda más ésta última forma.
El apellido «de Rey» es posible que fuese puesto en honor de Alfonso VII rey de Castilla y León e hijo de doña Urraca, el cual en el año 1137, hizo la donación de Huerta con las villas de su alfoz y su castillo al monasterio de Silos.
El 21 de Octubre de 1597, según carta dirigida al concejo de Huerta se estableció que los alcaldes de este pueblo pudiesen conocer en causas criminales, remitiendo autos y reos, en el plazo de tres días, a Santo Domingo de Silos.
En 1637 Huerta de Rey es declarado villa por real privilegio, los privilegios de villazgo intentaban una concentracion demográfica y concedían sustanciosos derechos que habían de enfrentar a concejo con el señor de la villa.
En 1808 estalla la guerra contra los franceses y se formaron múltiples partidas de guerrilleros dedicadas a hostigar continuamente a las fuerzas napoleonicas. Una de ellas fue la del cura Merino, natural del pueblo burgalés de Villoviado, quien consiguió reunir a un número suficiente de hombres con los que poder atacar a las tropas invasoras desde los pinares de la sierra de Quintanar.
Terminada esta guerra, algunas partidas sobrevivieron y, utilizando la misma táctica, mantuvieron entre 1820 y 1823 una guerra de guerrillas esta vez contra el gobierno liberal.
En el año 1854, siendo alcalde don Manuel Santodomingo, se comenzó el proyecto de reedificación del templo parroquial que amenazaba ruina. Este proyecto quedó paralizado durante varios años, hasta que en 1860 se realizó con arreglo al presupuesto de 72.000 reales.
En el 28 de Junio de 1878 se produce una catastrófica riada, no hubo que lamentar desgracias personales.