La importancia del desfiladero de Pancorbo como vía de tránsito entre la meseta superior y el valle del Ebro es permanente a lo largo de toda su historia, y hay que suponer que también lo fue en su prehistoria. Sin embago los restos hallados hasta la fecha son escasos y poco representativos.
En el año 1029 tras la muerte del rey García Sanchez, Pancorbo pasó a formar parte de Navarra. Tras la batalla de Atapuerca (1054) regresó el rey castellano Fernando I. Lo recuperaron en el 1068 los navarros y pasó definitivamente a formar parte de Castilla en 1076, reinando Alfonso VI. El rey Alfonso VII dotó de fuero a la villa de Pancorbo (8 de Marzo de 1147) y confirmó su alfoz quedando anexionada como villa raelenga a la corona.
En 1793 España declaró la guerra a la República Francesa. Los franceses invadieron Las Vascongadas, por lo que le gobierno decidió construir en Pancorbo el fuerte de Sta.Engracia, al que se dotó con 173 piezas de artillería, 600 caballos y 10.000 hombres.
Desde Marzo de 1808 hasta Junio de 1813, Pancorbo estuvo tomado por las tropas francesas.
Durante la primera guerra carlista, Pancorbo se mantuvo con los liberales, pero tuvo que soportar el asedio de los tradicionalistas que llegaron a incendiar el castillo de Sta. Marta (castillo moro) el 10 de Agosto de 1835.
En 1856 la Compañia de Caminos de Hierro del Norte de España inició las obras del ferrocarril Madrid-Irún. En Agosto de 1862 pasó el primer tren regular por Pancorbo.

Villa, en la Cuadrilla de Santa María de Ribarredonda, una de las siete en que se dividía la Merindad de Bureba perteneciente al partido de Bureba. Jurisdicción de realengo con regidor pedáneo.
A la caída del Antiguo Régimen queda constituida como ayuntamiento constitucional del mismo nombre en el partido de Briviesca, región de Castilla la Vieja,

Villa, en la categoría de “pueblos solos” en el partido de Bureba jurisdicción de señorío ejercida por el Duque de Frías quien nombraba su Alcalde Ordinario.
A la caída del Antiguo Régimen queda constiuida como ayuntamiento constitucional del mismo nombre en el partido Briviesca región de Castilla la Vieja.

Villa , conocida entonces como Quintanilla de Bon , de la Cuadrilla de Cameno, en la Merindad de Bureba, jurisdicción de realengo, con alcalde ordinario.
A la caída del Antiguo Régimen queda constituida en ayuntamiento constitucional del mismo nombre, en el partido de Briviesca en la región de Castilla la Vieja.
Posteriormente se integra en Briviesca.

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