En 1.801 los ejércitos de Napoleón, que durante varios años se dedicaron al expolio de buena parte del patrimonio artístico, se llevaron el antiguo botafumeiro de plata de la Catedral.
Sigue la decadencia, tan es así, que el 25 de julio de 1.878, día de Santiago, apenas hay 45 peregrinos en la Catedral.
Muchos años después, concretamente en 1.878, el Cardenal Payá ordenó efectuar unas excavaciones en el altar mayor de la Catedral de Santiago descubriendo un sepulcro con tres cuerpos. El Papa León XIII, año 1.884, en la «Bula Deus Omnipotens», confirma que los cuerpos son del Apóstol y dos de sus discípulos Teodoro y Atanasio.
