Parece que su nombre tiene relación con el nombre romano de Magna Cella, que significa gran despensa. Se piensa que este apodo se le daría por las abundantes cosechas de cereal. Las mismas razones se aplican para explicar el vocablo árabe con que se le designaba, Unm Gazala, que significa Casa Madre.
Más seguridad, por la documentación hallada, se tiene para identificar Magacela con la antigua colonia romana de Contosolia. A lo alrgo de la historia fue una población muy importante debido a su excepcional situación geográfica, que la convirtió en un enclave defensivo de primer orden.
Sufrió la ocupación árabe en el siglo XIII hasta que el monarca castellano Fernando III el Santo la reconquistó y la donó a la Orden de Alcántara a cambio de Trujillo. Esta Orden estableció en este lugar su Casa Prioral, que se convirtió en cabeza de toda la comarca de La Serena. A finales del XV el Priorato fue trasladado a Villanueva, lo que inició el proceso de decadencia de esta localidad.

El origen de Villanueva se remonta a época romana. Será a partir del siglo XIII, cuando experimente un notable crecimiento demográfico y un resurgimiento económico. Decisiva en la historia de Villanueva es su vinculación con la Orden Militar de Alcántara. El siglo XV regala el preciado título deVilla y le convierte en en el enclave más importante de la Comunidad de Villa y Tierra de Magacela y en la cabeza de los 18 pueblos de la Real Dehesa de la Serena. Muy importante dentro de la Institución ganadera del Honrado Concejo de La Mesta, será, además, en el siglo XVIII, Plaza con Gobernador Militar. Todos los avatares históricos de esta hermosa localidad han sido recogidos en historia de Villanueva de la Serena