Bayona fue fundada en el año 950 sobre las ruinas de un antiguo castrum romano, llamado Lapurdum, que ha dejado su nombre al territorio del Labort.
Existen varias explicaciones sobre el significado del nombre de Bayona: en 842 los vikingos realizaron una incursión en Lapurdum y se establecieron fuera de la ciudad en las orillas del río. Necesitaban un puerto, que fue nombrado en honor de su líder, Björn, originando Björhamn, luego Baionam y finalmente Baiona. También podría tratarse de un aumentativo vasco o gascón del latín Baia (gran extensión de agua) o un nombre derivado del vasco Ibaiona (buen río) o Ibaiune (lugar del río).
En el siglo IX es ocupada por los vikingos, lo que transmitió a sus habitantes los secretos de su construcción naval. Recuperada por el duque de Vasconia Guillermo Sancho casi un siglo después, pasa a ser la capital del vizcondado de Labort.[1]
Durante años formó parte del ducado de Aquitania, el cual pasó a dominación inglesa en 1155, desarrollándose como importante puerto, hasta que Dunois, durante el reinado de Carlos VII de Francia, la conquistara el 21 de agosto de 1451 para la corona de Francia, último capítulo de la Guerra de los Cien Años.
Muchos judíos expulsados de los reinos de Castilla y de Aragón por los Reyes Católicos se establecieron en Bayona, hasta que en 1602 el rey les obliga a abandonar la ciudad, a la que volvieron en 1789, instalándose en el barrio de Saint Esprit.
A lo largo de los conflictos esporádicos que agitaron los campos franceses en el siglo XVII, los agricultores de Bayona se encontraron cortos de pólvora y de proyectiles. Entonces metieron sus cuchillos de caza en los cañones de sus escopetas, confeccionando lanzas improvisadas que se llamarían a partir de entonces bayonetas.
En el castillo de Marracq se firmaron en 1808 las actas de abdicación del rey Carlos IV de España y su hijo Fernando VII en favor de Napoleón Bonaparte. Este hecho se conoce como las Abdicaciones de Bayona.
El barrio de Saint-Esprit, situado sobre el margen derecho del Adur, se unió a Bayona el 1 de junio de 1857. Anteriormente formaba una comuna autónoma del departamento de Landas