Los primeros documentos en los que se vé reflejada la villa de Siete Iglesias son del año 1090 en un recuento de Don Alonso V de los lugares que pertenecen a la sede de Palencia.

El principio de su andadura fue la existencia de un castillo en las márgenes del río Duero, junto a la embocadura del Trabancos, siendo sus primeros nombres «Castro-Benavente» y, más antiguamente, «Toro el Chico» y «La Gran Florida del Duero». Según dice un cronista nada de ésto sería cierto, sino que la población tomó el nombre de un alcaide del castillo, D. Castro de Nuño, hasta llegar a su forma actual. La fecha que más manejan los historiadores como fecha fundacional sería el período 866 a 910, durante el reinado de Alfonso III de León a cuyo reino pertenecía en esta época de batallas de reconquista contra los musulmanes.
Para otros historiadores su origen era romano. El emplazamiento de esta época estaría en lo alto del cerro, bien comunicado y de fácil defensa. Durante la Edad Media fue plaza fuerte, defendiendo el villorrio existente sobre el alto de la Muela, en torno del castillo.
Que existía en el siglo XI, es más que probado ya que el monarca castellano Alfonso X El Sabio, dice que, cuando Sancho II de Castilla pensaba despojar a su hermana Dña. Urraca, de la ciudad de Zamora en el año 1.072, se detuvo a pernoctar una noche en Castronuño.
Nuño Pérez, alférez mayor de Alfonso VII, la reedificó a mediados del siglo XII. Es alférez se vió ayudado en su obra por caballeros y prebendados.
Alfonso VII le concedió fueros en el año 1.152. Durante el reinado de Pedro I de Castilla (1.358-1.369) el nombre de Castronuño aparece citado en la Crónica del rey.
El monarca Juan I (1.379-1.390) estuvo en la villa el 19 de Mayo de 1.382, cuando, procedente de Portugal, iba a Medina del Campo para apoyar al Papa Clemente VII durante el Cisma.
Durante el reinado del monarca castellano Juan II (1.406-1454) Castronuño se vió envuelto en las intrigas políticas entre este rey, su valido D. Álvaro de Luna y sus enemigos.
Durante el reinado de Enrique IV, el alcaide Pedro de Mendaña, con fama de tirano, oprimía a toda la comarca. Según las crónicas, las ciudades de Burgos, Salamanca, Ávila, Valladolid, Medina, y otras se tenían que pagar tributo, como única medida de librar a sus territorios de aquel tirano. Será durante el reinado de Enrique IV (1.454-1474), y sus tres siguientes sucesores, cuando Castronuño alcance el período más floreciente de su historia.
Tras el inesperado fallecimiento del heredero, el rey Enrique IV y su hermana Isabel firman el pacto de Los Toros de Guisando, celebrado tras la conferencia de Castronuño durante el mes de agosto de 1488. La acusación del monarca a su hermana del incumplimiento del pacto, por contraer matrimonio con Fernando de Aragón, sin contar con su consentimiento, invalida los acuerdos de Guisando y estalla la guerra dinástica. El caos en Castilla fue mayor que nunca, y no dejó de crecer hasta el final del reinado.
En la lucha de los contendientes por contar con partidarios, numerosas ciudades se verán envueltas en la disputa real. Castronuño, Toro y Zamora apoyaban al rey Enrique.Castronuño se vería sitiada por las fuerzas de Isabel, al mando del Duque de Villahermosa.
A pesar de la bravura de los vecinos y del arrojo del alcaide y sus huestes, la villa fue tomada. El alcaide y el futuro rey Fernando negociaron la desaparación de Mendaña en Portugal. Los vecinos se sintieron traicionados y derribaron las murallas para evitar en lo sucesivo episodios tan vergonzosos.

Era la Albocela del pueblo Vacceo, como se desprende de los escritos del historiador romano Tito Livio. Situada en lo alto de un altozano, domina el puente romano sobre el río Duero. Ya antes de la dominación romana contaba con un potente recinto fortificado.
Los hechos históricos más importantes en los que interviene la ciudad tuvieron lugar en el año 1476, en el marco de las luchas dinásticas por la Corona de Castilla entre la hija del rey Enrique IV, Juana La Beltraneja, y sus partidarios, contra la hermana del monarca catellano y sus seguidores.
En el año 1505 se promulgaron «Las leyes de Toro» que constituyen el precedente directo del derecho actual. Con ellas se eliminaron varios fueros relacionados con los mayorazgos.